Przyczyny niedoboru magnezu w organizmie wynikają z wielu powodów, nie tylko z nadmiernego picia kawy i herbaty, napojów z kofeiną oraz napojów alkoholowych, które wypłukuje go z organizmu. Także fosforany zawarte w wędlinach wypłukują magnez z organizmu, o czym nie wszyscy wiedzą. Także dieta uboga w produkty zawierająca magnez, czyli brak surowych warzyw i owoców. Czasem wydaje nam się, że odżywiamy się prawidłowo, a tymczasem diet zbyt bogata w białko i wapń też może być powodem zaburzeń wchłaniania magnezu przez organizm.

Jeżeli organizm jest słaby, często chorujemy, boli nas głowa, bardzo często nadużywamy przyjmowanie różnych leków, jednakowo tych zleconych przez lekarzy np. antybiotyki, oraz leki nasenne to też możemy powodować zmniejszanie magnezu w organizmie.

Także przyjmowanie leków przeczyszczających, uspokajających, środków hormonalnych, zarówno antykoncepcyjnych, jak i hormonalnej terapii zastępczej też niekorzystnie wpływa na zaniżanie poziomu magnezu w organizmie. Niektóre choroby takie jak: problemy endokrynologiczne, czy zaburzenia pracy jelit także mają wpływ na poziom magnezu w organizmie.

Nadmierny stres może także być efektem niedoboru magnezu jak też i jego skutkiem. Czasem wystarczy właściwa dieta oraz trochę suplementacji preparatami magnezu, aby podnieść poziom magnezu w organizmie.